秋风扫过东京街头，落叶纷飞，犹如时间的碎片。2001年的深秋，一个名字被历史的尘埃悄然覆盖——芳本惠子，一个曾在舞台上熠熠生辉的东京大学学生，却在一场突如其来的雨夜中消失得无影无踪。九年后的今天，她的失踪案重新被翻开，成为侦探工藤新一与神秘人物生存龙牙共同关注的焦点。

工藤新一，化名柯南，以侦探的身份游走于世间，他的眼神犀利而深邃，如同黑夜中的星辰。面对生存龙牙的询问，他轻声回应，新一是他内心深处的秘密，柯南则是他对外的伪装。当听到惠子的故事，新一的思绪瞬间被拉回到那个风雨交加的夜晚，他凝神思考，试图从过去的线索中找出真相的蛛丝马迹。

生存龙牙，一个不露声色的调查者，他的声音低沉而富有磁性，讲述着惠子失踪的经过。东京大学的百年庆典，惠子在舞台上的光芒被雨水冲刷，她的自行车成了唯一的物证，而那只名叫雷霆的警犬，曾短暂地捕捉到她的气息，却在河流的迷宫中迷失方向。

工藤新一轻轻摩挲着下颌，对案件的复杂性表示惊讶。他提出疑问，自行车的消失是否意味着惠子落入河中？生存龙牙的回答证实了他的猜想，调查陷入了僵局，嫌疑人的身影模糊不清，尽管已被问询，却无法锁定真凶。

新一的好奇心被点燃，他渴望了解更多关于询问嫌疑人的细节。生存龙牙的话语中透露出调查的艰辛，每个嫌疑人似乎都有无懈可击的不在场证明，案件的真相仿佛被一层迷雾笼罩，只有深入其中，才能拨开云雾见青天。

两人在秋日的黄昏下交换情报，每一条线索都可能成为解开谜团的关键。工藤新一的心中燃起了熊熊烈火，他决定加入这个九年前的未解之谜，用他的智慧和勇气，去揭示那些隐藏在黑暗中的秘密，让惠子的故事得到应有的答案。